Die Organisation des Projekts Kinder in Bewegung erfolgt in einer überregionalen Ebene und einer regionalen Ebene.
Die überregionale Ebene bildet ein Netzwerk, über welches die Inhalte und Ziele des Vorsorgeprojekts verbreitet werden. Die erste Gruppe, die zu diesem Netzwerk zählt, sind die Kiwanis Clubs Österreich, die das Projekt als Serviceprojekt unterstützen und Informationen weitergeben. Elternverbände, Gesundheitsorganisationen, Frauenorganisationen usw. sind eingeladen, sich dem Netzwerk anzuschließen.

Die regionale Ebene ist die Ebene der Projektumsetzung. Eltern, KindergärtnerInnen und LehrerInnen, Direktoren, Schulärzte, Übungsleiter, Bürgermeister, Sponsoren und die Kiwanisclubs organisieren als Kleingruppe oder als größeres Team das Projekt an einem Kindergarten, einer Schule oder einer Gemeinde und führen es selbständig durch.